In de Noord-Atlantische archipel Faeröer wordt al honderden jaren gejaagd op zeemeeuwen en grienden. The Islands and the Whales toont hoe het voortbestaan van deze traditionele manier van leven wordt bedreigd.

Al eeuwenlang leven de eilandbewoners van wat de natuur hen te bieden heeft. Vaders leren hun zoons hoe ze het beste vogels kunnen vangen en de hele gemeenschap kijkt reikhalzend uit naar het moment dat de walvisvangst weer plaatsvindt. Echter, door de vervuiling van de oceanen neemt het aantal lokale vogels de afgelopen jaren sterk af en het vlees zit vol giftige stoffen. Een lokale toxicoloog heeft ontdekt dat het eten van het verontreinigde vlees zorgt voor cognitieve groeiachterstand bij kinderen en waarschijnlijk ook gelinkt kan worden aan diverse gezondheidsproblemen bij de eilandbewoners. Daarnaast is er veel kritiek van buitenaf op de walvisvangst. Activisten van de milieuorganisatie Sea Sheperds komen naar de eilanden, vastberaden om in te grijpen. Dit alles leidt tot een defensieve houding van de eilandbewoners, die vast willen houden aan hun tradities. Hoe gaan de Faeröer om met deze belangenverstrengeling?